Die Pfarrei Höflein an der Donau gehört kirchlich zum Stift Klosterneuburg. Die Orgelgeschichte der Pfarrkirche beginnt 1882 mit der Errichtung einer einmanualigen Orgel durch den Klosterneuburger Orgelbauer Franz Reusch (1817-1887).
Dieses Instrument besaß fünf Manualregister und einen offenen Octavbaß 8' auf einer gemeinsamen Windlade. Der Spieltisch war in die barocke Emporenbrüstung eingebaut. Das Orgelwerk stand im Turmbogen hinter dem heute noch existenten Prospekt.
In der Nachkriegszeit wurden noch ein Salicional 8' auf einer pneumatischen Zusatzlade eingesetzt, sowie sämtliche Holzpfeifen bis auf den offenen Octavbaß erneuert.
Um die Jahrtausendwende konkretisierten sich die Planungen, die Orgel auf zwei Manuale zu erweitern und mit einem 16' im Pedal auszustatten. 2002 entließ man das Instrument aus dem Denkmalschutz, baute den alten Spieltisch zu einem Brüstungswerk mit neuer zweimanualiger Spielanlage um, und platzierte hinter der alten Windlade im Turmbogen noch ein neues Pedalwerk mit zwei Registern. Das Salicional 8' rückte auf den Platz des Octavbasses auf die alte Windlade. Jedoch traten mit der Zeit Probleme in der Emporenstatik auf: Das Brüstungswerk senkte sich ab, die Trakturstellung veränderte sich stetig. Hinzu kam, dass das Pfeifenwerk nur schlecht für Wartungsarbeiten zugänglich war: Das weit vorspringende Brüstungswerk war nur von oben erreichbar; die Register des Hauptwerks konnte man erst nach dem Ausbau vieler Pedalpfeifen stimmen.
Darum wurden in den letzten Jahren allmählich Überlegungen zur Zukunft der Höfleiner Orgel angestellt. Sie reichten von einer lediglich statischen Sanierung und Reparatur bis hin zu einem gänzlichen Neubau des gesamten Instrumentes unter Einbeziehung des historischen Prospektrahmens.
Beim einer ersten Besichtigung stellten wir aber fest, dass sowohl das Metallpfeifenwerk von 1880, als auch die noch erhaltene Technik, wie Windlade, Wellenbrett und Blasbalg von passabler Qualität waren. So reiften langsam aber stetig die Pläne, wie man die noch erhaltenen Bestandteile der ursprünglichen Orgel von 1880 in ein neues Konzept übernehmen könnte. Weil aber deren Urheber Franz Reusch in seinem Schaffen nur ein einziges zweimanualiges Instrument gefertigt hat, orientierten wir uns bei den Überlegungen zu Konzeption und Konstruktion an dessen Lehrmeister, den Klosterneuburger Orgelbauer Johann Georg Fischer (1769-1850). Nach Exkursionen zu einigen Instrumenten Fischers, wie z.B. Großmugl (1833) und Theiß (1842) fiel schließlich die Entscheidung für ein ungewöhnliches Konzept:
Die erhaltene Substanz von 1880 wurde gewissenhaft restauriert und ergänzt. Das Positivwerk mit seinem grazilen 2'-Prospekt wurde nach Vorbild der Instrumente von J.G.Fischer gestaltet. Ebenso orientiert sich die dahinterliegende Spielanlage in vielen Details, wie z.B. der Stechermechanik, den Tastenmaßen oder der Koppeleinschaltung an ihm. Das neue Pedalwerk fand ganz hinten an der Kirchenrückwand in einer Mauernische Platz. Erstaunlicherweise ist es aber trotzdem klanglich recht präsent. Teile des Pfeifenwerks früherer Bauzustände, das von Mensur und Qualität her passend war, nämlich die Prospektpfeifen des Hauptwerks, der Subbaß 16' und das Salicional 8' wurden ins Konzept mit aufgenommen. Das Register Coppel 8' war zuletzt durchgehend mit gedeckten Holzpfeifen besetzt, die in der Nachkriegszeit eingebaut wurden und größtenteils auf neuen Stockaufdopplungen standen. Nach der Entfernung der Aufdopplungen zeigte sich anhand der gekesselten Stockbohrungen, dass das Register ursprünglich ab c¹ mit Metallpfeifen besetzt war. Als Vorbild für die Rekonstruktion konnte dann die Reusch-Orgel im benachbarten Kritzendorf dienen, wo die Coppel 8' ab c¹ mit konischen Metallpfeifen gebaut ist.
Durch die Notwendigkeit, dass die Emporenstatik ohnehin gesichert und erneuert werden musste, fiel bereits im Vorfeld der Orgelarbeiten die Entscheidung, die Empore um einen halben Meter nach vorne zu vergrößern. Dadurch konnte  nun auch das Positiv vollständig auf festem Boden stehen, und dessen Pfeifenwerk lässt sich nun über seitliche Öffnungen gut erreichen. Trotzdem waren die technischen Detailplanungen aufgrund der engen Platzverhältnisse recht anspruchvoll. Daher konnte eine Pedalkoppel zum II. Manual nicht realisiert werden. Immerhin gelang es in der kleinen Mauernische noch ein drittes Pedalregister unterzubringen, indem die tiefsten sechs Pfeifen des Choralbaß 4' aus dem Octavbaß 8' transmittiert wurden.
Nachdem das "neue, historische" Instrument - wie auch die Orgeln von Fischer und Reusch -  unverkennbar der klassischen Epoche zuzuordnen sind, wurde die Orgel abschließend in einer Fünftelkomma-Stimmung (Bach-Kellner) temperiert, was sowohl dem historischen Pfeifenwerk, wie auch den ergänzten Registern einen besonderen Charakter verleiht.