1857 wurde Mathias Mauracher aus Zell am Ziller damit beauftragt „eine angemessene Orgel für die Hofkapelle in Innsbruck“ anzufertigen. Das Instrument wurde noch am 2. Juni desselben Jahres kollaudiert.
Die Prospektpfeifen blieben durch beide Weltkriege hinweg erhalten. Anfang der 1960er-Jahre wurde im Rahmen der Restaurierung der Kapelle die Orgel mit einer barockisierenden Umhüllung versehen. Vermutlich im Zuge dieser optischen Anpassung an den Raum baute die Firma Reinisch-Pirchner in die Orgel ein elektrisches Gebläse ein und fertigte neue Registerschilder an. 1965 wurde vom Orgelbauer Arnulf Klebel aus Wien eine Restaurierung durchgeführt, die vor allem eine Verringerung der Mechanikgeräusche bewirken sollte.
Bei der jetzigen Restaurierung wurden die damals eingebauten Kunststoffteile wieder entfernt und die Trakturgeräusche mit Lederschlaufen gemildert. In einem schallgedämmtem Kasten im Raum hinter der Orgel wurde ein neues Gebläse eingebaut, das mittels Frequenzsteuerung den Magazinbalg entsprechend dem Windverbrauch befüllt. Das relativ dünnwandige Metallpfeifenwerk war teilweise stark deformiert. Nach dem Ausformen und Verlöten von Rissen wurden die Pfeifen wieder stabil auf die Stöcke aufgepasst. Zusätzliche Dichtungen aus Liegelind unter den Pfeifenstöcken verbessern die Stimmhaltung  und bewahren so das Pfeifenwerk vor erneuten Schäden durch allzu häufiges Nachstimmen.